Kordon kanını dondurup saklamanın pek çok amacı vardır. Bunlardan ilki, bebeğin ilerde kök hücre tedavisi gerektirecek organ doku yaralanması, harabiyeti veye yaşlılığı gibi bir durumla kartşılaştığında, doku uyumu olan verici aramaya gerek kalmadan kendine ait sağlıklı bebeklik çağı kök hücreleriyle tedavi edilebilmesidir. Kişinin kendi hücre ve dokuları ile uyum sorunu olmayacağından, bu çok önemli bir avantajdır.

Diğer bir amaç, bebeğin kardeşlerinde ya da yakın akrabalarında çıkabilecek hastalıkların tedavisidir. 1988 yılında Fankoni Aplastik anemi hastalığı bulunan bir çocuğun ilk kez kordon kanı ile tedavi edilmesinden bu yana, yüzden fazla hasta bu yöntem ile tedavi edilmiştir.

Kemik iliğinden kök hücre ayıklama yöntemi, habis kan hastalıklarında ve bazı kanser türlerinde, sağlıklı kan miktarını yükseltmek için yoğun olarak kullanılmaktadır. Ancak, hastaların %70 ine uygun kemik iliği bulunamamaktadır. Oysa, göbek kordonundaki kandan elde edilen kök hücrede, (eğer saklanmışsa), uyum problemi ortadan kalkmaktadır. Günümüzde bu yeni yöntemden, kanser, Parkinson, Alzheimer gibi - şimdilik - 50'yi askin hastalığın tedavisinde faydalanılmaktadır. Dünya çapındaki yoğun araştırmalar yöntemin kullanım alanlarını hızla geliştirmektedir. Bu hastalıkların bazıları aşağıda gösterilmiştir.